Si les traces d’occupation humaines sont très anciennes, la paroisse, elle, semble de création récente. Il faut attendre le XVIIIe siècle pour lire la première mention ecclésiale. Le 21 août 1721, par lettres patentes du Roi - en l’occurrence du Régent - la Racineuse est érigée en paroisse, le curé est Claude Catet.
Il existait une seigneurie au commandeur de Belle-Croix De Racinoso. L’église du XIXe siècle venait remplacer l’ancienne église tout en bois, les parois étaient formées de gros poteaux placés debout dont l’intervalle est garni de madriers assez épais et placés sur champ dans les rainures pratiquées dans les poteaux. De plan rectangulaire, sa construction pouvait remonter à une époque déjà bien éloignée. En 1869, l’église est devenue annexe de la paroisse de Serrigny, sous le vocable de Saint Germain. Puis, devenue trop petite et tombant en ruines, la commune décide de la reconstruire plus grande et plus solide ! Et elle retrouvera le patronage de saint Jean-Baptiste !
L’église actuelle, solidement et soigneusement édifiée en pierre d’appareil, tranche sur l’habitat de briques environnant. « L’église de la Racineuse a cela de remarquable qu’elle a conservé l’ensemble de sa décoration originelle », celle de la fin du XIXe siècle.