A la fin du XIe siècle, les comtes de Genève confient à l’abbaye Saint Michel de la Cluse la vallée de Chamonix pour y bâtir un prieuré.
Au XIVe siècle, celui-ci dépendait de la toute proche collégiale Saint-Jacques de Sallanches. Après des siècles de prospérité, deux nouvelles paroisses se détachent de ce prieuré : celle d’Argentière et celle des Houches. Toutes deux invoquent les mêmes raisons : la proximité inexistante. Alors, en 1730, commencent les travaux de la nouvelle église des Houchards et le territoire des Houches forme une nouvelle paroisse, séparée de celle de Chamonix. Les travaux onéreux sont réalisés par tranches successives, pendant une soixantaine d'années...
Elle est placée sous le vocable de saint Jean-Baptiste, peut-être en lien avec le pastoralisme. Elle est consacrée en 1766.
L'Église et le détail de la façade ont été peints en 1928 par Marc Chagall.
