L'église de Charnay, très ancienne, a subi de nombreux avatars et transformations, en particulier après l'incendie provoqué par les troupes croates de l'armée de Gallas en août 1636. La nef, reconstruite en 1847, comporte deux bas-côtés. Elle est couverte d'une fausse voûte en berceau. Le chœur est daté de 1468 : une pierre de la façade rappelle en effet que Pierre Vérot, curé de Charnay a fait faire le « chanceaul » (chœur) à cette date.
Charnay les Châlon se situe au nord du département, surtout ne pas confondre avec Charnay les Mâcon qui est au sud…