Beauvernois, "bel aulne" selon le gaulois "vernos", est situé sur la voie romaine de Bellevesvre à Sellières, à la stricte limite du Duché et de la Comté de Bourgogne. En 1563 la seigneurie appartenait à Claude-François de Neufchâtel et Françoise de Rye. Le château situé sur une motte aux "fournus" n'existait déjà plus. La chapelle construite à côté au 16ème siècle permettait aux fidèles de ne plus faire la route jusqu'à l'église de Commenailles. Si le village comptait encore 50 à 60 feux avant les guerres du 17ème siècle, il n'en restait plus que 17 en 1659.
L'Eglise date de la seconde moitié du XIXe siècle.
L'église de Beauvernois fut longtemps réunie à celle de Mouthier-en-Bresse pour le spirituel et devient succursale en 1870.
Aujourd’hui l’église Saint Jean- Baptiste dépend du doyenné d’Arlay et du diocèse de Saint-Claude.
