Les moines n'implantaient pas leurs monastères n'importe où.
Baume-les-Messieurs l'illustre à merveille: située dans une zone reculée (longue vallée pénétrant à l'intérieur d'un plateau calcaire à couches horizontales et se terminant par un cirque calcaire au pied duquel jaillit une résurgence), son abbaye est composé d'un impressionnant ensemble architectural, dont certains éléments sont typiques du premier art roman jurassien.
Une histoire avec l’abbaye mère de Cluny mouvementée, un patrimoine de qualité, un environnement d'exception : le site de Baume-les-Messieurs a réellement du caractère !
Appelée « Baume-les-Moines » jusqu'au XVIIIe siècle et dédiée à Saint-Pierre, l'institution sera longtemps prospère et constituera l'une des plus importantes abbayes de Franche-Comté avant de tomber en commende au XVIe siècle et de décliner en se sécularisant au XVIIIe siècle puis de disparaître à la Révolution.
Son église abbatiale romane présente la particularité de renfermer un superbe retable flamand datant du XVIe siècle.
L'église abbatiale Saint-Pierre est classée aux Monuments historiques depuis 1849.
